Kun je aan het DNA van een bacterie zien of die een plant ziek maakt? Volgens bio-informaticus Guillermo Guerrero Egido wel. In zijn promotieonderzoek ontwikkelde hij een computermethode die niet alleen ziekteverwekkers opspoort, maar ook de genen die daarvoor verantwoordelijk zijn.
‘Er is tegenwoordig enorm veel DNA-data van bacteriën beschikbaar’, vertelt Guerrero Egido.’We wilden die gegevens gebruiken om de levensstijl van bacteriën te voorspellen. Leeft een bacterie in de bodem, op planten, of in het menselijk lichaam? En helpt die planten groeien, of maakt die ze juist ziek?’ Met de nieuwe AI-tool bacLIFE kunnen onderzoekers daar nu sneller achter komen. Zo kunnen ze gerichter zoeken naar nuttige bacteriën voor de landbouw, en potentiële ziekteverwekkers eerder op het spoor komen.
Vergelijkende genomica bestond al langer. Maar waar onderzoekers normaal slechts enkele bacteriën vergelijken, analyseert bacLIFE er duizenden tegelijk. Met behulp van machine learning (een vorm van AI waarbij de computer leert van voorbeelden) herkent het systeem patronen die horen bij bepaalde levensstijlen.
Lees het hele bericht op de site van de Universiteit Leiden.
